現在のところ、コードマニュアルとしては
Programmer's Guide がオフィシャルなもの
になります。

Programmer's Guide の 第3章をご覧になることをお勧めします。
ここでは、

・シミュレーションの基礎
・スケジューリングの方法と基本的なAPI
・QNがどのようにして動いているのかといったアーキテクチャ

といったことが説明されています。

イベントハンドリング、スケジューリング、メッセージの
概念、タイマーの概念、APIの基礎を大雑把に把握できる
と思います。

その後、変更したいレイヤに基づき 第4章を読まれると良いと
思います。

また、離散シミュレーションとC/C++についてご理解いただいて
いる方の場合には CBR アプリケーションプロトコルのソースコ
ードをご覧になることをお勧めしています。

以下のようなことが最も簡潔に分かるソース例だと思います。

・初期化終了処理
　⇒　シミュレーション中に一度だけ行われるセットアップ処理
　⇒ データの読み込み処理に使われるAPI

・一定間隔でパケットを送信する
　⇒　タイマー、スケジューリング、メッセージの概念
　　　および統計値更新処理
　⇒　各種スケジューリングAPIやパケットの生成方法

・終了処理
　⇒　統計値のアウトプット処理に使われるAPI

LookUp を用いて具体的に Application に対して
どのような機能を追加されようとしているか、
教えていただけるともう少しアドバイスできるかも
しれません。