言うまでもありませんが、TCPはEnd-to-Endで信頼できるコネクションを確立するトランスポート層のプロトコルです。それを途中のノードで中継するようにした時点で、End-to-Endのプロトコルではなくなってしまいます。

MANETのlink failureが起こりやすい環境で中継ノードを置いてスループットが向上するかどうかを確認したいのでしたら、以下のようなモデルはいかがでしょうか。

1.アプリケーションプロトコルとしてHTTPを選択する。
2.中継ノードにはHTTPプロキシのモデルを実装する。
3.HTTPプロキシはICPv2(RFC2186)を実装してキャッシングを行う。

QualNetにはICPv2のモデルは用意されていませんので、モデルを作成していただく必要があります。