数百〜数千のノードでのシミュレーションを行いたいのですが、
ノード数１０００まではシミュレーションを行い、
結果を出力できたのですが、
ノード数１０００を超えると
シミュレーション途中でエラーが出て止まってしまうようになりました。

おそらくシミュレーションのはじめに確保するメモリが不足して
起こる問題だと思うのですが、
このような設定はどこのコードの記述を変えればよいのでしょうか？

> おそらくシミュレーションのはじめに確保するメモリが不足して
> 起こる問題だと思うのですが、
これは、具体的にどこのメモリの事でしょうか。

たとえば、10Nodeで実行した時のメモリ使用量と、
1000Nodeで実行した時のメモリ使用量に変化がありますか?

変化がなければ『シミュレーションのはじめ』の処理で確保するメモリ量が
一定の量だと考えることができます。

『シミュレーション途中でエラー』になるということは、
シミュレーション中に動的にメモリを確保し、
確保すべきメモリが足りなくなったと考えることができます。

実際に発生している状況はどのような状況ですか?
具体的に何かエラーメッセージが表示されていますか?

Windows?、Linux?、MacOS?、32bitOS?、64bitOS?、
GUIでの実行?、コマンドラインでの実行?

タスクマネージャーで実行時のメモリを確認したところやはり
違いは見られました。

実行はWindowsのコマンドラインで行っています。

エラーメッセージは
memory.cppのMEM_SystemCheckedMalloc関数にかかり
"Ran out of Memory."
"Run in debugger to see the location."
と表示される場合と
メッセージを忘れてしまいましたが
QualnetのエラーメッセージではなくWindowsの
エラーメッセージらしきものが
コマンドライン上に表示される場合の
２通りが見られました。

memory.cppにはデバッグ文が入ってるので、
それを有効にしてQualNetを再Buildすれば、
具体的にどこでエラーになったのかわかります。

ただし、とても大量に出ます。
QualNet4.5でdefault.configを実行した場合、
約54万行程度

ありがとうございます。
がんばって試してみます。