シナリオを作成する際に、Inspectorの中にHierarchy(0)->NodeConfigurations"と各ノードの"Hierarchy->Nodes->host->NodeConfigurations"がありますが、どちらを設定すればよいのでしょうか？また、どう使い分ければよいのでしょうか？

Node Configuration については、

Hierarchy(0)->NodeConfigurations が、Hierachy(0)配下
の全ノードに対する設定、また、
Hierarchy(0)->Nodes->host->NodeConfigurations が、当該
ノードのみに対する設定となります。

また、Inspector 中の ConfigSettings 以下にも、NodeCofigurations
内で設定可能なパラメータと同じものがあります。

こちらは、複数Hierarchyを持つモデルがある場合に全Hierarchy
配下のノードに対して、一括してパラメータを設定する場合に
用いるものです。

上記の回答に疑問点があります

上記の回答によると、Node Configurationを行う際に

・Hierarchy(0)->NodeConfigurations以下
・Hierarchy(0)->Nodes->host->NodeConfigurations以下
・ConfigSettings以下

に重複するパラメータがあり、それぞれHierarchyレベル、ノードレベル、全ノードに対するConfigurationが可能であるようです。

それでは、それぞれの設定に矛盾がある場合どの設定が有効になるのでしょうか？それぞれのパラメータにデフォルト値が定められているか、Configのレベルに対し有効/無効が設定できるべきだと思いますが、どうなっているのでしょうか

あくまでも原則ですが、重複するパラメータが存在する場合、

1.Hierarchy(0)->Nodes->host->NodeConfigurations以下
2.Hierarchy(0)->NodeConfigurations以下
3.ConfigSettings以下

の順に、設定する範囲が狭いほど設定が優先されます。
ただし、各層の設定項目に、例えば"default"のような、より
上位の設定値に従うといった設定値が用意されているわけでは
ないため、

ConfigSettings->NodePositioning->Mobility->Mobility Model => Random Waypoint.
Hierarchy(0)->Nodes->host1->Mobility->Enable => False.

のような設定にしても、host1を除く全ノードのモビリティを
Random Waypointに設定することはできず、host1も含めた全
ノードが動いてしまい、直感とは異なった動作となります。
ソフトウェアの仕様のあるべき論は別として、QualNetは上記
のような作りになっています。

なお、開発元のSNT社のForumにも、"Parameters, stats and more"
というタイトルで同様の質問と回答が掲載されています。そちら
も合わせてご覧ください。