University ProgramにてQualNet4.5.1を動かしています。
クライアントとしてQualNet本体をインストールしたのはLinux端末で
そちらの端末から直接GUIを起動すると何の問題もなくスムーズに動くのですが、
別のWindows端末からリモートでそのクライアント端末にアクセスし、
GUIを起動させると動作がとても重く感じられます。
具体的にはボタンやメニューをクリックした際のレスポンスが遅かったり、
シミュレーション実行時のアニメーションがスムーズに動かない（カクカクした動きになる）といった状況です。
クライアント端末もWindows端末も、X端末ソフトのバージョンも新しく、
スペック不足ということはあまり考えられません。
このような状況を解決する方法はあるのでしょうか。
もしくはリモートからGUIを起動した場合はスムーズに動かないのが一般的なのでしょうか。
ご助言頂けたら幸いです。

以下に実行環境を示します。
・クライアント端末
OS:FedoraCore 4
CPU:IntelXeon 3.6GHz
メモリ:4GB
・Windows端末
OS:Windows Vista Home Basic Service Pack 1
CPU:Intel Core2 Duo 2.66GHz
メモリ:4GB
・X端末ソフト
ASTEC-X 6.0 アカデミックライセンス

QualNetのGUI部分はJavaで作成されており、
XのRemote接続動作はかなり遅くなってしまいます。

また、Remote上の動作については、ASTEC-X 6.0などの
X Server側の作りに依存しているため、
今回ご案内した内容で改善されないかもしれませんが、
下記の設定が有効かもしれません。。

まず、QualNetを起動する前に、次の設定を行って下さい。
この設定は、Javaの起動オプションとして、

-Dsun.java2d.pmoffscreen=false

を指定するための操作となります。

ご利用のLinux login shellがsh(bash)の場合

set _JAVA_OPTIONS='-Dsun.java2d.pmoffscreen=false'; export _JAVA_OPTIONS

ご利用のLinux login shellがcsh(tcsh)の場合

setenv _JAVA_OPTIONS '-Dsun.java2d.pmoffscreen=false'

その後、runide.sh でQualNetを起動します。

ASTEC-X 6.0上での確認は行っておりませんが、
多少は改善するとおもわれます。

このJavaのオプションについては、
下記URLに詳細が記載されています。

http://java.sun.com/products/java-media/2D/perf_graphics.html

なお、他のリモート接続ソフトウェアであるVNCでは、
遅くはなるものの、実用に耐えないほどの表示の低下は
見受けられませんでした。

Linux側のVNCサーバはFedora用バイナリパッケージあります。
また、Windows側のVNCクライアントは、以下のVNCが高速です。
http://sourceforge.net/projects/ultravnc
これらのご利用もご検討下さい。