MANET内にＧＷを設置し、
MANET端末と有線ネットワーク上の端末
（もしくは有線を介したMANET端末）
との通信をシミュレーションしたいと考えています。

そのような場合、複数インターフェースの設定は、
どのようにすればいいのでしょうか。

初めまして。
まずは、QualNetでシナリオを作成してみる事をお勧めします。
ノードを設置して、ワイヤレスネットワークの雲アイコンを置いて、有線・無線のリンクをひっぱって、アプリケーションを定義して、色々のパラメータを弄って・・・

そうすると、もう少し具体的な疑問が出てくるのではないでしょうか。
解決の為には勿論、マニュアルや既存の情報を参照するのも、非常に有益かと思います。
ご参考まで。