トランスポート層でプロトコルを作成しているのですが、

アプリケーション層に何を(FTP,CBRなど)使うとかは正確に決まっておらず、
アプリケーション層はまったく関係ないので、

トランスポート層でデータパケットを発生させて通信を行うことはできるのでしょうか？

プロトコルを作成しているということなので、改造を前提で考えると可能だと思います。
例えばですが、トランスポート層のモジュールが独自のイベントを受け取る仕組みを作れば良いのではないでしょうか。
どのレイヤにも初期化処理(Initialize)が実装されていると思いますので、その中で自レイヤ＆自プロトコルとして識別されるイベント用メッセージを生成して適当なDelayを設けてSendすれば、エンジン側からそのメッセージが降ってくるはずです。
あとはそれを受け取るイベントハンドラ的な処理の中で自由にデータパケット用Messageを生成していけばいいと思いますが。

ただ、ogahさんの文面だけ見るとトリガーのかかり方が違うというだけで、アプリレイヤで適当なパケットを発生させても実質同じことのように思えますが・・・。

トランスポートに独自のプロトコルを入れる⇒IP層も変更を必要とすると思います。IP header の　Protocol Typeも追加しなければいけないですね。

UDPやTCPのヘッダーをつけたくないのであれば Transport に新たなプロトコルを追加するというのは分かりますが、そうでないのなら

引用：

gakuさんが仰るとおりだと思います。