TCPにおいてパケットの送信を特定の条件下において一時的にストップさせたいのですがこれについてはどの部分のソースコードをどの部分をいじればよいでしょうか？
よろしくおねがいします。

”特定の条件下”がどんなものかによって大分違ってくるのでしょうが、、

極端に考えてみると、一番上（Appレイヤ）で止めるか、もしくは一番下（Phyレイヤ）で止めるか、という選択肢も有り得なくは無いかもしれません。
＃　TCPのソースは入り組んでいて、あまり自分も見たことが無いです。あしからず。。

Appレイヤの方は、それぞれの関数定義ファイルを見れば何となく分かりそうな感じです。

Phyレイヤの方は、PHY_StartTransmittingSignal系の関数が、最終的なパケット送信時に呼び出されパケット送信が行われています。
（※同じ名前・異なる引数でオーバーロード定義されているので、デバッガでブレークポイントを張るなりログ出力コードをprintfで追加するなりした方が良いかもしれません）

…あまり参考にならないかな、、考える一助になれば幸いです。