優先させたいアプリと、そうでないアプリを両方同時に設定している
状態ですね？

Precedenceの値を変化させたパケットが
異なるIPキューにキューイングされているようなら、
それで問題なく動くと思いますよ。

・IPキューが複数用意されている
・IP-QUEUE-SCHEDULERが優先度方式になっている
必要がありますが、デフォルト設定ならそうなっていますし。

「優先させたいパケットのIP,Average delayの値」というのは、
何をチェックしたのでしょうか？stat？

そもそも中継ノードのIPキューにパケットが溜まらないので
優先制御が働く余地がない、いうことはないですか？