１． Physical layer, Mac layerはIEEE802.15.4とし、その上で直接application layer
を動かしたいのですが、その場合のレイヤ間インターフェイスはどうなるのでしょうか。
(CBRでは、ネットワークレイヤとトランスポートレイヤありきで記述されているように
見えますが、使わない場合には特に何も指定しないことでよろしいのでしょうか。）
２． CBRですと、定期的にクライアントからサーバに対してデータを送るようになっていますが、
クライアントとサーバの間で、状態に従って、単発のメッセージの送受を行うプログラム例は
ありませんでしょうか。（状態遷移も含めて自前での作成が必要でしょうか）

> その上で直接application layer
というのは、MACレイヤで動かすのか、
それともその上のLinkレイヤで動かすのでしょうか?
上だから、Linkレイヤ?

CBRはUDPパケットを使います。
したがってトランスポートレイヤしか相手にしていません。
というか、少なくともQualNetにおいてapplication layerで括られているものは
トランスポートレイヤしか相手にしていません。

> 使わない場合には特に何も指定しない
というのがよくわかりません。
具体的に何を指定しないということですか?

> 単発のメッセージの送受信
『単発』というのをもう少し詳しく教えて下さい。
『単発』ではないものとはたとえば何でしょうか。

> 状態遷移も含めて自前での作成が必要でしょうか
状態というのがどのような状態を想定してるのかわからないので...
たとえば、ルーティングプロトコルなどはある状態に従って、
ルーティングのための制御パケット(HELLOなど)の送受信を行いますが、
このようなものですか。

MACレイヤを直接叩いて、あるアルゴリズムでデータを流したい。
ということがやりたいのであれば、自作するしかないと思います。

ありがとうございます。
application layerからは、直接MACレイヤを相手にしたいので、トランスポートレイヤはスルーにしたいという意味です。これは可能でしょうか。また、確認ですが、application layerでMACアドレスを参照することは可能ですね。
単発のメッセージとは、メッセージの送受を意味しています。ある状態で、メッセージをクライアントから受けたら、サーバが別のメッセージを返すなどの意味です。例えば、アイドル状態で、ネットワーク参加要求がきたら、その応答を返すようなことです。これは、自作することになるということでしょうか。（OPNETでは状態遷移モデルがあったのですが、QualNetでは特にそのようなものはないという理解で正しいでしょうか。)

QualNetのApplication layerは、UDPやTCPのパケットを出します。
これはソースコード上で実装されているので、シナリオ設定で変更することは出来ません。
ソースコードの改造が必要です。

MACアドレスは、Node構造体から参照することになります。
もちろんソースコード上での参照です。
Node構造体は、ほぼすべての関数で引数として指定されているので、
Application layerに限らず参照可能です。
なお、MACアドレスが当該Nodeに複数ある場合の識別も考慮する必要があります。

OPNETがどのような方法で状態遷移をシナリオで指定しているのかはわかりませんが、
少なくともQualNetのシナリオでは状態遷移を定義することは出来ません。
その状態遷移ロジック部分を新たにソースコードで自作することになります。

リプライを返すApplicationとして、既存のプロトコルではFTPやHTTPがありますが、
そのほかにはLookupとSuper Applicationがあります。

したがって、方法として以下の手順が考えれられます。

既存のLoopupのソースコードをコピーしてくる。
Lookupの状態遷移を実現したい状態遷移に改造する。
LookupはUDPパケットを使うので、その部分をMAC直接に改造する。
この時のMACレイヤとの送受信については、
QualNet-5.2-ProgrammersGuide.pdf
4.4.4.3 Network Layer to MAC Layer Communication
4.4.4.4 MAC Layer to Network Layer Communication
などが参考になると思います。