ノードの配置は
はじめに関数　MOBILITY_SetNodePositions　に
よって行われていると思いますが、
この関数の呼び出しはどこに記述されているのでしょうか？

私はノードの配置や通信状況に応じて
各ノードが移動方向を決めるようなモビリティの
実装を試みています。
Qualnetでは
初めにシミュレーション時間内のノードの軌跡を
各ノード毎に決めて、それに沿う形で各層のプロトコルに
したがったシミュレーション結果が出る使用になっていると
思うのですが、
順に各ノードの最初から最後までの軌跡を決定していくのではなく、
一定時間ごとに平行して各ノードの軌跡を決定していくように
したいと考えています。

そのために上記の呼び出し部分を参照したいのですが
これは非公開の変更不可部分なのでしょうか？

そうですね、非公開部分から呼び出されているようです。
したがって、厳密にはいつ呼び出されるか保証されていません。
とはいうものの、APIのコメントに色々書いてあるのでそれを頼りにするしかないと思います。