お世話になります、関東在住の研究者です。

ネットワーク層でのIPパケット送信数や受信数をどのCPPファイルの
どこでカウントしているか教えていただけないでしょうか？

＊AODV, QualNet6.1, CBR

以上、宜しくお願い致します。

もし、statファイルに出力されている情報であれば
IO_PrintStat関数で出力されています。
ソースコードを検索してIO_PrintStat関数を使っている
場所を見つけると以下のような使い方になっているはずです。

sprintf(buf, "Packets fragmented = %u", stats->ipFragOKs);
IO_PrintStat(node, "Network", "IP", ANY_DEST, -1 /* instance Id */, buf);

最後の引数に欲しい情報が見つかれば、その変数を++している場所を
見つける、という手順になります。