あるノードの物理IFで、INPUTされたパケットのDSCPまたは、Precedenceの値を書きかえたいと思ってます。

そのような設定を、Qualnetのノードにすることは可能でしょうか。

例えば、Precedence 1のパケットを3にするなどという設定をしたいと思ってます。

自分で行ったことはありませんが、QualNetで設定するのではなくソースを変更することで可能になると思います。

もう少し具体的に教えてもらえると助かります。

特定のGatewayのノードだけで実施したいと考えてます。

先にも申し上げた通り自分では行ったことは無いので、こうすればいいのではというレベルです。
また現在のお書きになっている情報で、何を具体的に伝えればいいのかわからないので、具体的ではない書き込みです。

処理は以下の流れになると思います。
(1) 物理層でgatewayかどうかを判定
(2) 受信したパケットのIPヘッダをのぞき見、たとえば1だったら3に書き換える
(3) 上位レイヤに渡す

と、思ったのですが、MACレベルでフラグメントなどが起こっているとかなり厄介なことになるかと思います。
たとえば以下のような感じでしょうか。
(1) 物理層でgatewayかどうかを判定
(2) 受信したパケットがフラグメントされているかを確認
(3)フラグメントされていなければ、
　(3-1) 受信したパケットのIPヘッダをのぞき見、たとえば1だったら3に書き換える
　(3-2) 上位レイヤに渡す
(4)フラグメントされていれば、
　(4-1) 残りのパケットが到着するまでキューか何かに入れておく
　(4-2) 全てのパケットがそろったらデフラグメントを行い、そのパケットのIPヘッダをのぞき見、たとえば1だったら3に書き換える
　(4-3) 上位レイヤに渡す

こうすることで実現できるかもしれませんが、結構厄介な気がします。
それに途中でパケットをキューか何かに入れることで到着順序が変わったり、delayが発生したりします。
ひとまず上位レイヤに渡す直前に処理をすると思うので、PhyなんたらToMacという関数を呼ぶ直前だと思います。