IDE上で端末を配置し、Waypointの設定をした後、不用な端末を消去しNode IDを付け直したところ、以下のエラーが発生しました。

Error in file ..\mobility\mobility.cpp:457
Destination are not specified in timestamp order.

.nodeファイルをみてみると、0S以降Waypointの設定に対してNode IDが更新されていません。直接ファイルを書き直しても上手く反映されずに、再度IDがずれます。

既知の不具合でしょうか？それとも、私の操作の手順に何か問題があるのでしょうか？

ご指摘ありがとうございます。
エラーの発生、およびWaypoint設定のNode IDの値が更新されないという現象を確認しました。
QualNetの不具合と思われます。製造元に確認してみます。

なお、*.node ファイルのテキストを修正した場合、コマンドラインからのシミュレーション実行には反映されますが、IDE上のシナリオには反映されません。
Waypointを再設定することなく修正する場合には、*.scn ファイルを修正します。*.scnファイルはXMLで記述されています。Waypointを設定している場合、各ノードの設定内にというタグの箇所があるので、ここのnodeIDの値を修正して、IDEから再読み込みをしてみてください。(シナリオを一旦閉じて開きなおします)