ノードの移動なしの同じシナリオで
seedの値を変えてシミュレーションを行ったら全く違う結果でした。
seedによって生成された乱数は主に何に使われるのですか？

同じ条件（ノード数やコネクション数など）で
ノードの配置などを変えて複数回のシミュレーションを行おうと思っているのですが
ノード配置をランダムにしてseedの値を変更させる方法以外に何か方法はあるんでしょうか？

引用：

乱数シードはあらゆる確率モデルで擬似乱数を使用する際に
使用されます。
たとえば、802.11 の　コンテンションウィンドウサイズを
決定する時や、VBRアプリケーションでパケット生成間隔を
決定するときなど様々な場面で使用されております。

Seedの変更は、これらの乱数系列が変更されることを
意味しますので、結果として異なるシミュレーション結果
を得ます。

引用：

ノードの配置をシミュレーション毎に変えたい場合には、以下のファイル
を事前に作成し、コマンドラインによるバッチ実行で簡単にできます。

(1)ノード配置ファイル [シナリオディレクトリ内の.nodeファイル]
(2)シミュレーションシナリオファイル[シナリオディレクトリ内の.config]


まず、(1) のファイルをノード配置のパターン数分、ファイル名を変えて
定義し、それぞれのファイルにノードの位置を設定します。

次に、オリジナルのシナリオファイルを同じく、ノード配置パターン数分
コピーします。

各シナリオファイル内で
EXPERIMENT-NAME　シミュレーション名
NODE-POSITION-FILE　ノード配置ファイルパス
を設定します

あとは、コマンドプロンプトより
qualnet.exe xxxx.config
をバッチ実行するようにしていただくだけです。

説明ありがとうございます。
よく理解できました。

.nodeファイルをランダムに自動的に生成する方法などはあるのでしょうか？

引用：

弊社でサポートしているわけではないのですが、Bonn大学で開発され
たフリーのツールがございます。
http://web.informatik.uni-bonn.de/IV/Mitarbeiter/dewaal/BonnMotion/

ノードの配置や、移動パターンを定義するファイルを作成してくれます。
QualNet 用のフォーマットで出力してくれますのでなかなか便利です。