QualNetを初めて使い始めた者です
まずはUser's Guideに目を通し終えましたが、どのように
シミュレーションを始めていけば良いか理解できません
以下、何点か質問させてください。

・シミュレーションはGUIベースのもので行うのか、それとも
　ファイルへの記述("MAC-PROTOCOL MAC802.3"など)で行うの
　でしょうか。
　User's Guideの説明では双方どっちつかずに感じます。
　GUIベースでモデルを作成して、ファイルを修正するという
　イメージであっていますか？

・検討したい事は、無線伝送におけるMAC層での衝突回避です
　が、Network層以上についても詳細設定が必要ですか

・何かチュートリアル的なドキュメントはないのでしょうか
　たとえば、pure-ALOHAのスループット計算を行うといった
　よく参考書などにあるような題目のもの
　あるいはサンプルプログラムなどもないですか？

引用：

基本的にシナリオの作成（シミュレーション条件の設定）は
GUIベースで行えます。また、GUIが使用するシナリオ設定用
ファイルとqualnet.exe(シミュレータ）が使用するファイル
は分かれています。

GUIは .scn ファイルを作成し、ここにXML形式でシナリオを
書き出してくれます。

次に run ボタンを押すと .scn ファイルのあるディレクトリ
にシナリオファイル名と同名のディレクトリが作成されます。
このディレクトリ内に各種のシミュレーション実行用ファイル
が作成されます。
例えば、

といったものです。これらは全てテキスト形式であり、
フォーマットは User's Guide や各種ライブラリのマニュアル
に説明が記述されています。
ここで xxxx.config が最も重要なファイルで、この中でxxxx.nodes
、xxxx.app ファイルなどが指定されています。

最後にGUIの実行ボタンを押すと GUIは qualnet.exe を

といった形で実行します。

従って、ほとんどの場合、config ファイルをユーザーが記述
する必要は無く、GUIで設定することが可能です。
もちろん、config ファイルをテキストエディタで編集して
コマンドプロンプトより qualnet.exe xxxxx.config として
実行していただいても構いません。

引用：

ネットワーク層以上の振る舞いについて、着目しないのであれ
ば、必要はないです。この場合、
TCP -> TCP lite
IP -> IPv4
Routing -> dynamic, bellman ford
というプロトコルが使用されます。
これらで問題が無いようでしたら、変更する必要はありません。
ただし、ルーティングプロトコルによっては、無線区間にパケット
を送信する間隔が変わってきますから、検討する必要があると
思います。ルーティングプロトコルの影響を排除したければ
スタティックルーティングにする必要があるかもしれません。

引用：

ダウンロードサイトにQualNet-3.9.5-ProductTour.pdfという
ドキュメントがあると思います。これがチュートリアル的
な役割を果たします。

引用：

通常、Qualnetで出力されるスループットは、アプリケーション
レベルでの End-End のスループット値です。

mac レベルでのスループットの考え方は色々とあると思います
から、この部分はユーザーが測定するするコードを追記する必要
が出てきます。（例えばアプリのデータのみ、あるいはルーティング
パケットも対象とするとか）

mac レイヤで受信パケットを処理する部分や、送信イベントに
あたる関数でユーザー定義の統計値を更新する必要があると
思います。