こんにちは

ベースとしているシナリオは、
QUALNET_HOME/scenarios/wireless/wifi/dot11n/throughput_test/dot11n_phy_1antenna/dot11n_phy_1antenna.config
で合っていますか？

このシナリオは2つのノードで構成されていて、ざっくりと以下のような設定になっています。
・インフラストラクチャモード：
　・Node 1 が AP (MAC-DOT11-AP YES)
　・Node 2 が STA (MAC-DOT11-AP NO ネットワークのデフォルト)
・CBRトラフィックが Node1 (AP) → Node2 (STA) 設定
・MAC-DOT11-AMPDU-ENABLE YES
・MAC-DOT11-AMSDU-ENABLE NO (デフォルト)


上記のシナリオに対して、2つのノードを両方ともAccess Point (MAC-DOT11-AP YES) に設定したということでよいでしょうか。
まずここが疑問です。802.11 で Access Point 同士で直接通信させるのは、個人的にはかなり特殊なケースのように感じます。
Wireless Distribution System の様に規定上はAP同士で無線ネットワークを構成できるようですが。
yuki33 さんの研究上、明確に意図された設定でしょうか。


次に QualNet の動作ですが、yuki33 さんも確認されているように、AP を2台配置してそのままで直接通信ができているようです。
この時、Beaconの受信もなく、アソシエーションもせず、いきなり上位レイヤのデータフレームを通しているように見えます。

AP-AP間の通信シナリオで、AMPDU や AMSDU, 40MHz Bandwidth の動作や実装がどのようになっているか少し確認してみました。

■AMPDU
オリジナルのシナリオと異なり、MAC-DOT11-AMPDU-ENABLE YES を設定しても、
*.stat に MAC, 802.11nDCF, Ampdus *** 系のカウントがすべて0になります。
AMPDUの設定が無効になっているように見えます。
ソースコードは細かく追えていませんが、たとえば mac_dot11-ap.cpp に MacDot11nCanAmpduBeCreated() という関数があって、
この中では自身がAPの場合に、送信先が自AP配下のSTAでなければ AMPDU は無効としているようです。

■AMSDU
オリジナルの dot11n_phy_1antenna シナリオに対して MAC-DOT11-AMSDU-ENABLE YES を設定しても、
バッファリングはされるもののアグリゲーションの条件にならず *.stat に MAC, 802.11nDCF, Ampdus *** 系のカウントはされないようです。
AMSDU の設定の効果を見るためには、パラメータ設定を調整する必要があるように思われます。
そこで、AMSDU を確認できる
QUALNET_HOME/scenarios/wireless/wifi/dot11n/throughput_test/amsdu_test/amsdu_test.config
をベースにしてみました。(もともと3ノードあったので、Node3を削除しています。)
AP-APの設定にした場合、オリジナルのシナリオと異なり、MAC-DOT11-AMSDU-ENABLE YES を設定しても、
*.stat に MAC, 802.11nDCF, Amsdus *** 系のカウントがすべて0になります。
AMPDUの場合と同様にAMSDUの設定が無効になっているように見えます。
こちらもAMPDUと同様に、たとえば mac_dot11n.cpp に Macdot11nCanAmsduBeCreated() という関数があり、
自身がAPの場合に、送信先が自AP配下のSTAでなければ AMSDU は無効と返しています。

■40MHz Bandwidth
これについてはすみません、インフラストラクチャモードで PHY802.11-40MHz-SUPPORTED YES に設定したシナリオでうまく通信させることができませんでした。
もし yuki33 の方でうまくできているようでしたら、シナリオ作成手順を教えてください。
で、dot11n_phy_1antenna をベースにAP-APの設定にした場合は、 PHY802.11-40MHz-SUPPORTED YES でも NO でも通信できましたが、確かに結果は変わりませんでした。
これは、AMPDU も AMSDU も無効の状態で、元々のCBR設定のままでは 20MHz の帯域を使い切っていないため、40MHz を有効にしても結果は同じになったのだと思われます。
別のシナリオを作って、AP-AP間通信設定で実行したところ、PHY802.11-40MHz-SUPPORTED YES と NO とで、CBRのスループットが変化することは確認できました。


●中間結論？的なもの
AP-AP間の直接通信のシナリオにおいて AMPDU や AMSDU の設定が効かないということが、
QualNetの実装として妥当なのかとか、802.11n standard はどうなっているのかとかまでは確認していません。
少なくとも現状のQualNet(7.4)はこのようになっているということなので、
もし yuki33 さんが評価をするうえで AP-AP間の通信で AMPDU や AMSDU の機能を有効にする必要があるのであれば、ソースコードの改修が必要と思います。
少しハードルは高そうです。
インフラモードやアドホックモードでは、評価シナリオを代替できないでしょうか。