>改造を加えていないQualNetでQualNetに最初から入っているシナリオを
実行するとエラーにはならないと想像しています。
確認してみましたか。あるいは確認済みですか。結果を教えて下さい。

確認済みです．改造する前の状態だと動きます．

>改造を加えたQualNetで新規作成したシナリオを
改造を加えていないQualNetで実行した結果については、
こちらでは判断がつかないです。
もし
改造によりシナリオに新しい設定項目を追加しているのであれば、
改造を加えていないQualNetでは追加設定部分を処理することが出来ないので、エラーになるかもしれません。

改造によりシナリオに設定項目が追加されていない場合は、
エラーにはならない可能性が高いです。
確認した結果を教えて下さい。

質問にあった答えかどうかは分かりませんが，
\librariesの中のdeveloperや\includeの中を変えているので改造はしています．新規作成したシナリオを今までは実行できていました．しかし，新たに今回追加すると実行できなくなりました．