混乱してきたので確認させて下さい。

作成した.configファイル(default.configを802.15.4に対応させたもの)と無改造のQualNetの組み合わせで
PHYやMACが動作することは確認していますか?

動作確認用のログを追加した(node.cppに追加した)り、DEBUGを有効にしただけで、
純粋に.configファイル記述の問題だと思っていました。

.configファイルの記述に関する問題(PHY802.15.4設定で期待したシミュレーション結果が得られない)ではなく、
ソースコードを改造して期待したシミュレーション結果が得られない、という事ですか?
もしそうであれば、こちらで無改造のQualNetで詳細に調べても問題は解決しないです。

作成した.configファイルを、改造したQualNetで動作させて正しくなければ(期待した結果でなければ)、
改造したことによる不具合になります。

したがって、その改造が正しいか否か、または副作用が発生していないかを
全ての改造箇所について確認するしかありません。