横から失礼します。
画面上で設定した変更が反映されているか、
という問題と、設定した変更がconfigファイルに保存されているか、
を確認すべきかと思いました。

default.configを読み込む。
画面下のTable Viewをクリック。
Networksのタブをクリック。
Wireless Subnetの行をダブルクリック。
Physical Layerのタブをクリック。
Radio Typeのプルダウンから802.15.4 Radioを選択。
MAC Layerのタブをクリック。
MAC Protocolのプルダウンから802.15.4を選択。
画面下のOKをクリック。

この後、もう一度、設定画面を開いたら、802.15.4に設定されているか？
を確認してOKならば、問題はhiroさんの言うようなconfigファイルに保存されているか、
となるかと思います。

この場合は、保存したファイルをオープンしているか、確認すべきかと思います。