まず、一般的な.configファイルの記述フォーマットは、
QualNet-6.1-User'sGuide.pdf の
2.2.9.1 General Format of Parameter Declaration を
参照して下さい。

次に参考とするシナリオですが、802.15.4の場合には
./scenarios/default よりも
./scenarios/sensor_networks をお勧めします。
また、慣れるまではいきなり.configを編集するのではなく、
GUIからの設定変更をお勧めします。

そして、以下の記述の例ですが、
[<prefix>] PHY-RX-MODEL PHY802.15.4

[<prefix>] は対象となるインタフェイス認識用の修飾です。
省略すれば全ノードの全インタフェイスになり、
ノード番号や、サブネットや、インタフェイス(IPアドレス)を
記述します。

具体的には他の設定に依存するので適宜使い分けて下さい。