Makefile-windows-vc9などの以下の箇所を


以下のようにしてますか？(デバッグオプションを有効にする。かつ最適化を無効にする)


ちなみにこの状態でもVisualStudio上でデバッグ実行するとおっしゃっているようなダイアログ(エラーではないはず)が出ます。
その理由はわかりませんが、少なくとも上記のMakefileの設定が出ていれば、QualNetのデバッグ実行には問題はなりません。
私は「再度ダイアログを表示する」といったようなチェックを外すか何かして、再度表示されないようにしています。

なおstatファイルはデバッグオプションがついていようといまいと、出力されます。