いま手元に古いQualNetしかないので、お使いのバージョンで同じかはわかりませんが、Programmer's Guideの「Compiling from Visual Studio 2008 IDE」にIDEの使い方があります。
基本的にはデバッグの設定で作業ディレクトリとコマンド引数を設定し、ブレイクポイントを貼って実行するだけです。
たとえばdefaultのシナリオをコマンドプロンプトで実行する場合、以下のようにすると思います。

IDEも同様に作業ディレクトリにはconfigファイルのあるディレクトリを指定し、コマンド引数にはconfigファイルを指定するだけです。

なおデバッグの際はMakefile-windows-vc9などを以下のようにして、デバッグを有効にし、最適化を無効にし、再ビルドする必要があります。


Visual StudioのIDEの使い方などはQualNetに限った話ではないので、検索したりして自分で調べてみてください。