使用するApplocation依存になってしまいますが可能です。

例えばCBR場合、以下の2カ所でパケット送信を仕込みます。
関数 AppCbrClientInit の最後付近。
startTimeになったら最初のパケットを処理する。
MESSAGE_Send(node, timerMsg, startTime);

関数 AppCbrClientScheduleNextPkt の最後付近。
clientPtr->intervalにてパケットを処理する。
MESSAGE_Send(node, timerMsg, clientPtr->interval);

関数 AppLayerCbrClient の先頭付近。
実際に指定時間が経過してパケット送信する。
case MSG_APP_TimerExpired: のブロック。

という事で、
startTimeやclientPtr->intervalの値をそのまま使用せず、
自分で書き換えれば良いことになります。

めんどくさいのは、ルーティング処理部分からApplication処理部分へ
情報を伝達する処理です。

Node構造体に情報を追加して、自分自身の優先順位を管理して
Application処理部から参照することになると思います。

それから、基本的に1サイクル遅れることも気にしなければなりません。
Application処理では今からxx秒後に実際のパケットを出す処理なので、
xx秒が経過する前に優先順位が変更になったらどうするのか、などの
色々と詳細処理を考える必要があります。