ご返信ありがとうございます。

ビルドログには
コマンドライン

[
@echo off

cd ..\mainnmake -f Makefile-windows-vc9

if errorlevel 1 goto VCReportError

goto VCEnd

:VCReportError

echo Project : error PRJ0019: ツールはエラー コードを返しました : "メイクファイル プロジェクト動作を実行しています。"

exit 1

:VCEnd
]

と出ています。

パスが見つからない、ということは[Makefile-windows-vc9]というファイルのプロジェクトファイルからの相対パスが間違っているということでしょうか。
今回フォルダ名を[1112]とし、
プロジェクトファイルの場所は
C:\snt\qualnet\5.2\Program\1112

相対パスは
cd ..\mainnmake -f Makefile-windows-vc9

と入力し、ビルドを行いました。