hiroさん、ご回答ありがとうございます。

こちらの説明の仕方が悪くうまく説明できておりませんでした。
if (SEQ_GEQ(tp->snd_una, tp->recover)) (tcp_input.cpp関数)
#define SEQ_GEQ(a,b) ((int)((a)-(b)) >= 0) (tcp_seq.h関数)
上記の条件分岐において、シーケンス番号が符号なしint型であることは理解していましたが、p->recover=0の場合において、tp->snd_unaの値が符号付きint型の値より大きい場合と符号付きint型の値より小さい場合で動作が異なるのではないかという疑問でした。
既存のTCPの動作において、そもそもtp->recove=0になる事がおかしいのでしょうか？負になっても問題なく動作できるシミュレータになっているのでしょうか？シーケンス番号が符号付きint型の範囲を超えると正常に動作しないのでしょうか？

私自身は追加したコードによりtp->recove=0なるためシミュレーションがストップしている可能性が最も高いと考えていますが、使用しているQualnetのバージョンが古いため、シーケンス番号が符号付きint型の範囲を超えると正常に動作しない等の問題があれば教えていただきたいです。よろしくお願いします。