QualNet 3.9.5 ですか、かなり初期のころからQualNetを使っているのですね。すごい。
個人的なアーカイブから3.9.5を取り出してソースコードを確認しました。

それはともかく、TCPのシーケンス番号は32bitの符号なし整数です。
これはQualNetであろうが関係なく、TCPとして決まってます。
したがってQualNetでも32bitの符号なし整数として処理します。

具体的な定義は、
./transport/tcp/tcp_hdr.h
の中に下記の定義があります。
typedef UInt32 tcp_seq;

ということで、そもそも32bitの符号つきとして処理していませんから、
負になること(マイナスになること)は想定していません。ゼロはありです。