引用：

乱数シードはあらゆる確率モデルで擬似乱数を使用する際に
使用されます。
たとえば、802.11 の　コンテンションウィンドウサイズを
決定する時や、VBRアプリケーションでパケット生成間隔を
決定するときなど様々な場面で使用されております。

Seedの変更は、これらの乱数系列が変更されることを
意味しますので、結果として異なるシミュレーション結果
を得ます。

引用：

ノードの配置をシミュレーション毎に変えたい場合には、以下のファイル
を事前に作成し、コマンドラインによるバッチ実行で簡単にできます。

(1)ノード配置ファイル [シナリオディレクトリ内の.nodeファイル]
(2)シミュレーションシナリオファイル[シナリオディレクトリ内の.config]


まず、(1) のファイルをノード配置のパターン数分、ファイル名を変えて
定義し、それぞれのファイルにノードの位置を設定します。

次に、オリジナルのシナリオファイルを同じく、ノード配置パターン数分
コピーします。

各シナリオファイル内で
EXPERIMENT-NAME　シミュレーション名
NODE-POSITION-FILE　ノード配置ファイルパス
を設定します

あとは、コマンドプロンプトより
qualnet.exe xxxx.config
をバッチ実行するようにしていただくだけです。