何となく、QualNetのソースファイル構成を誤解している気がするのですが、
それぞれのNodeのmainというか各Node専用のソースファイルはありません。
確かに、2つに分類すればQualNet全体の処理とNode用の処理にはなります。

『Nodeを構成する』という定義はあいまいですけど、
何らかの形でNode個別に処理される部分ということであれば、
各レイヤの処理部分が該当します。
レイヤ以外の処理には、GUI処理、メモリ管理、ファイル処理、
などの共通部分の処理になりますけど、ごくわずかです。

全QualNetのソースファイルは5.2の場合では、
includeファイルで542ファイル(225,013行)、
cppファイルでファイル401ファイル(944,824行)です。
# オプションライブラリの有無で微妙に異なります。

これらの中でNodeを構成しているソースファイルですが、
ざっくり80%以上がNodeを構成しているソースファイルです。

実際にはシナリオでレイヤ単位に処理を指定するので、
これらのNodeを構成するソースファイルのほとんどが動かない
(設定したシナリオでは使わない)事になります。
使わないルーティングプロトコル、使わないアプリケーション、
使わないMAC,PHY等が沢山あります。

シナリオで定義した各レイヤの処理を行っているソースファイルだけを
チェックすればよいです。

./snt/qualnet/5.2/librariesに入っているファイルは
比較的わかりやすいファイル名になっているので
ファイル名をじっくり見て、内容を確認して下さい。

あいまいな表現で、ちょっとわかりにくかったかもしれませんが、
まずは、レイヤの決定と当該部分の処理を行うソースファイルを
見つけて下さい。