放置されていたようですが、解決しましたか?

まず、message(というかヘッダ)の構造を把握する必要があります。
QualNet Hacksの第2章 イベント処理が参考になりますよ。
http://simweb.kke.co.jp/download/QualNetHacks-02-Event.pdf

で、概要箇所の上の方で、
MESSAGE_RemoveHeader (node, msg, sizeof(struct ipovly), TRACE_TCP);
して、
memcpy (MESSAGE_ReturnPacket(msg), &ti->ti_t, sizeof (struct tcphdr));
してますよね。
そして、問題の個所が以下の部分。
msg->transport_hdr = MESSAGE_ReturnPacket(msg);
これらを見れば自明ですが、
ti->ti_tから、sizeof (struct tcphdr)だけmemcpyされているわけです。
部分的に書き直せば、

となります。これならわかりますよね。

> ※MESSAGE_ReturnPacket(msg) について実際に出力させて
> 確かめようとも思ったのですが、返り値が代入されている
> msg->transport_hdr が void 型で定義されていたため、
> どのように確かめればよいか分かりませんでした。

ほとんどの場合void *の定義は『いろんなもの』を示す場所になるので、
そこに何が入っているのかは、入れた場所で特定するしかありません。
例えばmallocもvoid *ですよね。
慣れるまでは難しい概念かもしれませんけど、じっくりとソースコードを
読めば答えは必ず見つかります。頑張って下さい。