> １．IP-QUEUE-NUM-PRIORITIESというパラメータはデフォルトで
> 3つのキュー設定してあると思いますが．
> その3つのキューの間に優先度の差があるかどうかをお聞きしたいです．

具体的なQueueのModelには何を指定していますか?

> また，applicationのpriority　parametersはprecedence,TOS,DSCPのことを指すでしょうか？

はい。ただし、詳細はApplication依存になります。

> ２．今やりたいことは，ネットワーク層のキューで優先度の差をつけたいです．
> 例えば，
> TCP→キュー１
> UDP→キュー２
> それぞれのキューに入って，キュー１にパケットがあれば，そのパケットを送信しますが，
> キュー２に入られたパケットはキュー１が空のときのみ送信できるというような仕組みを作ってみたいです．
> 「直接」というのは，precedence,TOS,DSCPのいずれかのパラメータを使って，そういう仕組みを実現できるかどうかをお聞きしたいです．

作ってみたいと言うのはQualNetを改造して実現するということですね。
改造が前提であれば可能だと思いますよ。

> ３．例えば私の環境（version5.1）でのnetwork_ip.cppのファイルで15154行目に：
> FUNCTION　NetworkIpSendOnBackplane（）
> というようなコメントが書いてありますので，関数だと理解しています．

コメントですか? まぁ、コメントが間違えていることは少ないでしょうから、
大丈夫だとは思いますが、実際の関数定義を確認することをお勧めします。
コメントが無い関数もありますよ。

関数を確認したのであれば、その処理内容を理解してみましょう。