> 1．そもそもqualnetのIP層設定では，
> 複数のキュー（ディフォルトは3？）を定義できると思いますが，
> それぞれのキューは優先度で区別されているのでしょうか．
> （例えば優先度：Index 0 > Index 1 > Index 2という感じ？）

まず、QualNet-5.1-Developer-ModelLibrary.pdfの
6 Queues and Scheduler Models
を読んでみて下さい。

複数のQUEUEというのは、以下のパラメタなどのことですか?
IP-QUEUE-NUM-PRIORITIES
IP-QUEUE-PRIORITY-QUEUE-SIZE
IP-QUEUE-TYPE

具体的なconfigパラメタ名を記述した方が説明が楽です。

優先度については、各ApplicationのPriority Parametersを
参照して下さい。

> ２．直接TCP，UDPを分けてそれぞれのキューに振り分けて行くのは
> 可能でしょうか．どうすればその操作を実現できますか？

直接という意味が分かりません。configで指定するということですか?
プログラムを改造して指定するということですか?

> ３．参考記事には幾つかの関数？が挙げられていると思いますが，
> どこでどのような操作をしたら良いでしょうか？

実際にQualNetのソースコードを見て関数であるのか確認しましたか?