CBRではAppLayerCbrServer内で最後に受信したシーケンス番号よりも若いシーケンス番号が到達した場合は破棄していました。

やり方は以下のどれかでしょうか。
(1) 上記の破棄している部分を無視するように改造する。→QualNet Hacksの一番最初がCBR関連だったと思います。そこに書いてあったような。。。
(2) SupperApplication等でTCPを使い、順序制御はTCPにまかせる。→設定等はマニュアルに書いてあります。
(3) 自前の順序制御を入れる

方針としては(1)の順序制御されていなくても無視するか、(2), (3)の順序制御をするのどちらかだと思います。
(1) は簡単ですが、順序制御にかかる時間を無視した遅延時間でいいのかは私には判断付きません。が、普通に考えれば順序どおりに到着しなくてはならないので、順序制御にかかる遅延を無視してはいけないのではないかと思います。
(2) も簡単ですが、TCPでいいのか、本当にこれだけでいいのかは検討していません→ご自身で検討して下さい。
(3) は実装は大変ですが本来これをやらなくてはならないと思います。→どのレイヤ(レイヤ間)で行うかは何をやりたいか次第だと思います。

とりあえず思いつくのはこんなところですね。QualNet出の実装方法云々の前にどうすべきかを決めるのが先だと思います。