以下を試してみてください。私はこの方法でVC++ ExpressのGUIで64bitコンパイルをできるようにしています。

既にVisual Studio 2008とWindows SDKのインストールが終わっている状態で、下記の操作をしてください。

1. Windows SDK 7.0 と Visual Studio 2008 を統合させます。

->メニューよりWindows SDK Configuration Tool(WindowsSDKに含まれています)を起動し、ダイアログのリストからv7.0を選択、またVisual Studio Versionsは2008を選択して"Make Current"ボタンを押します。

2. エクスプローラで C:\Program Files\Microsoft Visual Studio 9.0\VC\vcpackagesを開きます。

3. AMD64.VCPlatform.config を AMD64.VCPlatform.Express.configとしてコピーします。

4. Itanium.VCPlatform.config を Itanium.VCPlatform.Express.configとしてコピーします。

(4はQualNetには関係ありません。)

以上で x64/IA-64 アプリのビルドが可能になります。
注意点として、Visual C++ 2008 Express Edition 側は SP1 である必要があります。
これは、Windows SDK 7.0 に付属する Visual C++ 2008 コンパイラにはSP1 が適用されているためです。

上記情報は下記サイトに掲載されています。
http://www.i-keisuke.net/tips/vc64bit.html
http://social.msdn.microsoft.com/Forums/en/vcgeneral/thread/a47f4441-2396-4d69-bd7f-0183d092ca06
なおMicrosoftの公式なページには説明が見当たりません。

上記設定が終わりましたら、以下のサイトに書かれている情報に基づいて設定いただければGUIからも64ビット環境がビルドできるようになります。
http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/9yb4317s(v=vs.90).aspx