最低限必要な設定項目としては、
「サブネットの設定」
「チャネルの設定」
「インターフェイスへのチャネルのアサイン」
の3つの設定を.configファイルに記述することになります。

例えば、先ほどの、

[Node1] <==WLAN1==> [Node2] <==WLAN2==> [Node3]

という例では、以下のような設定内容が必要です。

# Define two subnets
SUBNET N8-192.168.0.0 {1, 2}
SUBNET N8-192.168.1.0 {2, 3}

# Define two wireless channels
PROPAGATION-CHANNEL-FREQUENCY 2400000000

# Assign channel to each interface
[N8-192.168.0.0] PHY-LISTENABLE-CHANNEL-MASK 1
[N8-192.168.0.0] PHY-LISTENING-CHANNEL-MASK 1
[N8-192.168.1.0] PHY-LISTENABLE-CHANNEL-MASK 1
[N8-192.168.1.0] PHY-LISTENING-CHANNEL-MASK 1


また、WLAN1とWLAN2で異なるチャネルを設定したいという場合は、例えば以下のようになります。

# Define two subnets
SUBNET N8-192.168.0.0 {1, 2}
SUBNET N8-192.168.1.0 {2, 3}

# Define two wireless channels
PROPAGATION-CHANNEL-FREQUENCY[0] 2400000000
PROPAGATION-CHANNEL-FREQUENCY[1] 2500000000

# Assign channel to each interface
[N8-192.168.0.0] PHY-LISTENABLE-CHANNEL-MASK 01
[N8-192.168.0.0] PHY-LISTENING-CHANNEL-MASK 01
[N8-192.168.1.0] PHY-LISTENABLE-CHANNEL-MASK 10
[N8-192.168.1.0] PHY-LISTENING-CHANNEL-MASK 10


GUIで作成したシナリオディレクトリ内の.configファイルも参考にしてみてください。
また、今後時間のあるときに、簡単な具体例を載せたいと思っています。