komeさんこんにちは。

>Hub同士をLinkでつなぐことができないようです。

そうだったかもしれません。QualNetではHubは具体的なネットワークノードというよりも、「有線サブネット」を表現するための手段として用いられていますね。逆にSwitchは具体的な実体を持ったノードです。
Switchをベースに改造する手もあると思いますが、Hubよりも複雑なんですよね。

>特定ポートに送信する追加実装でこの問題は解消されるでしょうか？
>再び質問して申し訳ないのですが、ご教授のほどお願いいたします。

上に書いたとおりで、Hub同士を繋ぐことは多分、想定されていません。もしどうしてもそれが必要なら、面倒でもSwitchをベースに改造した方がいいかと思います。ちなみに、Switchは簡易モデルと詳細モデルがあるみたいですね。
ちなみに、フォーラムで最近、この簡易モデルにはバグがあると書いてあったので、詳細モデルを使ったほうがいいかもしれません。以下の記事も参考にしてください。

http://simweb.kke.co.jp/qualnet/forum/modules/newbb/viewtopic.php?viewmode=flat&topic_id=611&forum=29

詳細モデルのSwitchのソースは以下にありますのでお間違えなく。

%QUALNET_HOME%\libraries\multimedia_enterprise\src

では。