ntさんこんにちは。

これはまた難しそうなご質問ですね。
サブネットが異なるということは、ネットワークアドレスが異なるということと同値です。従いまして、「異なる2つのサブネットを同じネットワークアドレスにしたい」というのは自己矛盾しています。

とは言いながら、2つの有線サブネットを同じネットワークアドレスにすることは、VLANを使えばできると思います。詳しくはマニュアル("QualNet 5.0.2Multimedia and Enterprise Model Library 2.3 Virtual LAN (VLAN)"を読んでください。サンプルシナリオもあります。

ここで問題があります。QualNetの無線LANモデル(dot11)はアクセスポイント(AP)がルータになってしまうのです。APをブリッジにすることができればもしかしたら問題は解決するかもしれませんが、そのためにはかなりプログラムを書かなければなりません。

他にも方法があるかもしれませんが、まずはこのあたりで一旦書き込みます。