お世話になります。構造計画研究所のQualNet担当です。

IP Queue Sizeに関しましては、%QUALNET_HOME%\include\network.hに記述されております。
QualNet4.5及び5.0.2それぞれでnetwork.hを見ると、どちらも50〜60行目付近に以下の記述がございました。
#define DEFAULT_NETWORK_INPUT_QUEUE_SIZE 150000
#define DEFAULT_NETWORK_OUTPUT_QUEUE_SIZE 150000

また、QualNet4.5においてGUIでのデフォルト値を見ると5000となっていることも確認いたしました。

この件に関して開発元に確認を行った所、QualNet4.5ではGUIで設定を行った際に、
異なる値がデフォルト値として格納されるバグがあるとのことでした。
なお、4.5より上位のバージョンでは、バグは修正されております。

開発元としては、IP Queue Sizeのデフォルト値は150000から変更していないとのことでした。

以上、御参考になれば幸いです。