はじめまして。
私ならこうするということで回答いたします。ご参考になれば幸いです。

引用：
QualNetでは基本的には各ノードがそれぞれ自ノードの処理をどうするか（任意の時刻になったら送信を行うなど）を決めています。そのためシナリオの中から任意のノードを選択し、その間で通信を行うということはしません。
アプリケーションの設定としても、各ノード間の設定もしくは送信元だけの設定となります。
ただし、QualNetはシミュレータですのでカスタマイズさえすれば、神様が任意の時間になったらランダムに2ノードを選択し、その間で通信させるということはもちろん可能だと思います。

引用：
QualNetの結果ファイルをみたところ、ノード(orインタフェース)単位で統計値が出力されているようです。そのため、私でしたら以下のどちらかで対応するかと思います。
(1) 出力されたファイル***.stat(テキストファイル)をシミュレーション後に処理することで、シナリオ全体の統計値を出計算する。
(2) ソースコードに手を加え、ノード毎に統計値を取得している箇所に加え、シナリオ全体の統計値も取得し、Finalize処理で出力する。

基本的にはソースコードには手を加えたくないので、(1)で対応しようと考えると思います。ただし、デフォルトで出力されない項目においては、どちらにしろソースに手を加えないといけないですね。