既存のシナリオにも動かないものがあるわけか。
あ、これってGUIで動かした時ですか、
それとも qualnet xx.config とやった時ですか。

> マニュアルには載っていなかったのですが，
> "Illegal instruction"というエラー文は
> どのような状況のときに表示されるか
> 知っておられる方はいませんか？

Illegal instruction というのはOS(shell)が出しているので、
QualNetのマニュアルには載ってないです。
文字通りに解釈すれば、不正な命令 となります。
一般的にプログラムが壊れている(暴走している)か、
ソフトウェア(QualNet)側でメモリの使い方を間違っている、
などが考えられます。
でも、オリジナルのQualNetをそのまま make clean; make all して
使っているのであれば、QualNet側は正しそうです。