ま、どっちでも良いのですが、
がっつりと大量のソースコードを新規に作るならaddonで、
ちょこっとした追加ならlibrariesですかね。

addonで良かったな、と思った事は、
addonの方がMakefileの管理が楽、
QualNetのバージョンが変更になった時も楽、
バージョン管理(svnなど)の整理がしやすい、
他人にソースコードを渡すとき便利、
developer? multimedia_enterprise? wireless? 悩まない、
などです。

librariesで良かったな、と思った事は、
既存のプロトコルを改造する場合に楽、
Makefileの修正が最小限で済む、
などです。

きわめて個人的には、ls して、
ファイルがわらわらと沢山表示されるのが嫌なので、
addonです。