横からすいません。

>>> 1，トポロジーの自動生成（その都度ランダム配置で）
>>ずばり、ランダム配置はありますが、接続までは自動ではありません。
>つまり，ほげほげを1000パタンを作る際には，
>ランダム配置を1000回，手で接続を最低1000回つなぐ必要があるということでしょうか？
ノードをランダム配置した場合、ノード間距離によっては、node1-node2へのアプリケーションを設定しても、
トラフィックが届かない可能性があります。という意味だと思います。
電波が届かず接続できないという状況もシミュレーション結果としてよいのであれば、
1000パターンの.nodesファイルに対して、1つの.appファイルでOKだと思います。

ノードのランダム配置についてはここが参考になるかもしれません。
http://simweb.kke.co.jp/qualnet/forum/modules/newbb/viewtopic.php?viewmode=flat&topic_id=82&forum=21

>>> 3，値の自動保存
>>一回実行する度に、その結果をとっとくしかないです。
>ようは，実行後に保存しておく処理が必要ということですか？
コマンドラインで実行するなら、引数に結果ファイル名を指定できます。
UsersGuideの7.1.1あたりに書いてあります。

>>> 4，これらのことを例えば1000回繰り返す．
>>スクリプト書いて、一生懸命ループさせることで出来ます。
>ちなみに，Linaxが使えないとなると，1000回の実行が待っているのでしょうか？
私はwindowsでcygwinを使ってスクリプトを回してます。
一度スクリプトを書けるようになってしまえば、1000回の試行→グラフ化まで簡単にできるようになって、考察にタップリ時間が使えますよ〜。