> >> 1，トポロジーの自動生成（その都度ランダム配置で）
> >ずばり、ランダム配置はありますが、接続までは自動ではありません。
> つまり，ほげほげを1000パタンを作る際には，
> ランダム配置を1000回，手で接続を最低1000回つなぐ必要があるということでしょうか？

変更したい接続情報も自動生成させることも可能です。
ちょっとメンドクサイかもしれませんが、
所詮テキストファイルによる定義です。
その気になれば何でもできます。

> >> 2，自動的実行
> >出来ます。って、QualNetを連続で動かすという意味の自動的でよいのかな。
> >GUIはすっぱりあきらめましょう。コマンドラインでOK。
> ここは，コマンドラインであればスクリプト処理が可能であるから，という意味ですよね？

はい、そうです。
GUIでも繰り返し実行できますが、自由度が少ないです。

> >> 3，値の自動保存
> >一回実行する度に、その結果をとっとくしかないです。
> >自分でファイルをオープンして常にアペンドしてもOK。
> オープンとアペンドという言葉に聴き覚えが無いのですが，
> ようは，実行後に保存しておく処理が必要ということですか？

はい、一回一回の結果を保存する必要があります。

> >> 4，これらのことを例えば1000回繰り返す．
> >スクリプト書いて、一生懸命ループさせることで出来ます。
> 実はLinaxには今まで触れる機会が無かったので，スクリプトというのがよく分からないです．
> でもたぶん，すぐに分かるはずなので，これから調べてみたいと思います．
> ちなみに，Linaxが使えないとなると，1000回の実行が待っているのでしょうか？

いや、Windowsでも出来るんですが、
Windowsのコマンドラインは自由度があんまりなくって...

FOR /L %%N IN (1,1,1000) DO なんたらコマンド

とやれば、なんたらコマンドが1000回動くので、出来なくはないです。

あとは、創意と工夫で...