まず、MCBRはアプリーケーションなので、サーバとクライアントという概念で作られています。
データの送信と受信を行うノードを明示的に指定し、その設定についても.appに記述します。
受け取ったパケットを誰に(どのインタフェイスから)送るべきかという処理は含まれていません。

次に、ルーティングプロトコルはアプリケーションではないので、全ノードがサーバでありクライアントです。
そのルーティングプロトコルを処理する全ノードがルーティングデータの送信と受信うことになり、設定についても.configに記述します。
また、ルーティング処理ですから、受け取ったパケットを誰に送るべきかという処理を行う必要があります。
したがってQualNetのIPレイヤの処理と強くかかわる必要があります。

アプリケーションにはアプリケーションなりのQualNetにおけるお約束があり、
ルーティングプロトコルにはルーティングプロトコルなりのQualNetにおけるお約束があります。

したがって、アプリケーションのスケルトンからルーティングプロトコルを作成するよりは、
ルーティングプロトコルのスケルトンから作成した方が良いと思います。

プロトコルの詳細についてはわかりませんが、スタティックルーティングではないことはわかりました。
また、動的に変化するプロトコルのようですから、
QualNetに実装されているアドホック系のルーティングプロトコルからひとつを選び、
それをスケルトンにして作成する方法が良いように思います。

QualNetが実装している様々なルーティングプロトコルについて、どのようなアルゴリズムなのかを調べましょう。
送り先を決めるアルゴリズムはどのようなものか、
そのアルゴリズムはどのような情報を使って送り先を決定するのか、
その情報はどのように管理し、どのように情報の更新を行うのか、
などを把握することで、新たに作成したいルーティング処理に似ているものを見つけましょう。

お手本になりそうなルーティングプロトコルを決めたら、
それがQualNetにどのように実装されているかをソースコードを見て解析することが必要です。

その前に、QualNetにおけるアプリケーション処理実装とルーティングプロトコル処理実装の違いを確認すること。
次に、ルーティングプロトコル実装から一番シンプルなSTATICルーティングの処理実装(300行程度です)を調べることで、
NetworkUpdateForwardingTable関数の使い方を理解することもお勧めします。

近道はありません、少しずつ理解を深めることが大切だと思います。