> ノード間でデータ転送を行ったのですが，

ということは、受信したデータについての処理ですね。

> パケット内に格納されているデータを参照し，
> 変更するにはどこをさわればいいのでしょうか？

TCPなら、tcp_inputが分かりやすいです。
それよりも下位なら、
MAC_ReceivePacketFromPhyとか、
PHY_SignalEndFromChannelあたりです。
これらの場所で実際のペイロード部分を参照するとよいのでは。

見たいデータがどのレイヤなのかによって場所は変わります、
というか、必ず変えなくてもよいですが、
各レイヤでそのパケットのペイロードを参照している箇所が一番分かりやすいです。