ディレクトリが、
QUALNET_HOME\4.0\main
であれば、インストールが正しく行われていない可能性があります。
正しいのは、
QUALNET_HOME\main
です。

次に表示されるのは、
cl ： コマンドライン warning D4024：ソースファイルの種類　/kernel/obj/main.o-windows-vc7は認識できませんでした。
であれば、コンパイラかMakefileのインストールがおかしいのかもしれません。
通常であれば、以下のように表示されるはずです。
cl : コマンド ライン warning D4024 : ソースファイルの種類 '../kernel/obj/main.o-windows-vc7' は認識できませんでした。オブジェクトファイルと仮定します。

最後に
QUALNET_HOME\4.0\binディレクトリで、下記のように一旦Qualnet.exeを削除して下さい。
del Qualnet.exe
そして、改めて
QUALNET_HOME\4.0\mainディレクトリで
nmake -f Makefile-windows-vc7
を実行後し、nmake完了後に下記のようにQualnet.exeの日時を確認して下さい。
dir ..\main\Qualnet.exe
このときどのように表示されますか?