もし、ライセンスサーバに、新しく発行された4.0のライセンスファイルと、まだ有効な古い3.9のライセンスファイルの両方が置かれている場合、クライアント側で4.0を使いつつも、サーバ側では古い3.9のライセンスファイルを先に見つけてしまい、「そんな Feature ありません」とおこられているような気がします。

これのケースに該当する場合、試しにサーバ上の所定ディレクトリのライセンスファイルを4.0のものだけにしてもダメでしょうか？