cabochaさん、gpさん、こんにちは。
今までの設定でデバッグはできていたんですね。。
ブレイクポイントの設置がおかしかったとは…大変お恥ずかしい話です。
ほんとに知識のなさを自分でも痛感しています。
色々と為になるご意見ありがとうございます。

私のシナリオのconfigファイル設定の一部は、アドホック通信においてMAC protocol＝802.11、routing protocol＝AODV、としているのですが、この設定で、mac_802_11.cppやaodv.cppのファイルでのブレイクポイントがヒットしないのは、何か違和感があり、単純にデバッグできていないと思いこんでおりました。。

しかし、先ほど、partition.cpp:PARTITION_CreatePartition()の先頭部にブレイクポイントを設置し、デバッグしてみたところ、やはりヒットしませんでした
デバッグまでの手順としては、Win32コンソールアプリの新プロジェクトを作成し、設定（作業ディレクトリ、コマンド、コマンド引数の設定）をして、その後、.cppファイルを開きブレイクポイント挿入後、デバッグを開始するという工程ですよね？もしかしたら、.cppファイルを開く際、既存の項目追加から行わないといけないとか…

私の手順で何か不具合があれば指摘していただきたいです。