kabochaさん、こんばんは。
gpさん、はじめまして。
何度かkabochaさんのアドバイスを基にデバッグを行ったのですが、やはりできませんでした…

DOSによりqualnet.exeの実行はできているのですが、ソースファイルを開いてそこにブレイクポイントを指定してもまったくヒットせず、exeの実行が終了すると出力ウインドウに

'qualnet.exe': 'C:\qualnet\3.9\bin\qualnet.exe' を読み込みました。シンボルが読み込まれました。
'qualnet.exe': 'C:\WINDOWS\system32\ntdll.dll' を読み込みました。シンボルが読み込まれていません。
'qualnet.exe': 'C:\WINDOWS\system32\kernel32.dll' を読み込みました。シンボルが読み込まれていません。
'qualnet.exe': 'C:\WINDOWS\system32\ws2_32.dll' を読み込みました。シンボルが読み込まれていません。
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というメッセージが出るだけでした。。

gpさんは、Win32コンソールアプリのプロジェクトを作成し、kabochaさんの言う通りの設定を行って普通にデバッグできているんですよね？
その際に、上記に書いているようなメッセージが出ますでしょうか？