あまりLinux上のX環境などに詳しくないので、ご参考まで…
＃Vine Linux上のgedit, xemacsなどで貼り付けは出来ました。

単にシミュレーションのログを保存したいのであれば、コマンドラインで実行してファイルにリダイレクトすれば良いかも？？
　%~　qualnet default.config > result.txt
みたいな感じです。
ちなみにconfigファイルは、実行したいシナリオ名のディレクトリ以下に保存されるものです。